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BD Rhapsody單細胞3‘轉錄組測序
產品簡介
單細胞轉錄組測序如何進行單細胞的捕獲，是決定單細胞檢測成本和通量的關鍵步驟。高通量單細胞捕獲目前主流的有兩大策略，一種是以10x Genomics為代表的采用微流控芯片技術（Microfluidic） ，另一種，就是BD Rhapsody為代表的采用微孔板（Microwell） 技術。 BD Rhapsody單細胞分析系統包括BD Rhapsody卡式芯片、 BD Rhapsody上樣臺、 BD Rhapsody掃描儀三大部分。
BD Rhapsody上樣臺（左）； BD Rhapsody卡式芯片（中）； BD Rhapsody掃描儀（右）
技術原理
BD RhapsodyTM 卡式芯片由上萬個微孔組成，主要承擔樣本以及試劑的添加，在平面卡式芯片上，一個細胞與一個條碼標記微球（beads） 依次落入同一個微孔中，細胞裂解釋放mRNA并且與磁珠上的引物序列雜交，進而完成細胞的捕獲和mRNA反轉錄。磁性回收beads，抓取cDNA進行文庫構建并測序。接下來采用BD RhapsodyTM 單細胞分析系統進行數據分析，一次可以獲得100~10,000個單細胞的基因表達數據，實現單細胞水平鑒定和表征細胞類型的目的。
BD Rhapsody 微孔捕獲及標記細胞原理
BD Rhapsody 單細胞測序實驗流程圖
BD Rhapsody 單細胞轉錄組測序
結果展示
細胞分群圖（左）； 蛋白表達密度分布圖和熱圖分析（右）
Marker 基因聚類熱圖（左）； 基因表達擬時間分析（右）
產品優勢
超高通量
每個樣可檢測100-10,000個細胞；
多組學檢測
可以同時實現靶向mRNA+ 蛋白質+ VDJ CDR3的單細胞多組學研究；
系統可靠
可利用成像系統對單細胞捕獲過程進行質控；單細胞捕獲效率高達80%，多細胞比例<1%(1,000個細胞中)；
經驗豐富
百奧醫藥技術團隊現已累積100余種不同組織類型、數千余個樣品的單細胞測序經驗。
送樣要求
應用方向
應用案例
鼻纖毛細胞是COVID-19早期SARS-CoV-2復制的主要靶細胞
Nasal ciliated cells are primary targets for SARS-CoV-2 replication in the early stage of COVID-19
發表雜志：Journal Of Clinical Investigation （IF: 14.808）； 發表時間： 2021年 7月； 應用技術：BD Rhapsody單細胞轉錄組測序
在COVID-19的早期階段，上呼吸道會受到損害，但在細胞水平上對SARS-CoV-2的趨向性尚未完全確定。最近的單細胞RNA-Seq分析顯示所有鼻上皮細胞中SARS-CoV-2進入相關宿主分子的mRNA表達水平較低，但本研究發現這些蛋白水平相對較高，并且它們的定位局限于多毛上皮細胞的頂端。此外，本研究提供了在COVID-19患者中大量檢測到SARS-CoV-2并在多分枝細胞中復制的證據。研究發現，在COVID-19的早期階段，感染的纖毛細胞迅速被分化的前體細胞取代。此外，分析表明SARS-CoV-2的細胞趨向性僅限于鼻腔纖毛上皮而非口腔鱗狀上皮。這些結果表明，在COVID-19早期階段靶向鼻上皮纖毛細胞可能是預防SARS-CoV-2傳播的理想策略。
健康供體與COVID-19患者鼻上皮細胞組成
差異表達基因分析（左）； COVID-19患者鼻腔上皮細胞的軌跡推斷（右）
